Die Breisgau-S-Bahn zwischen dem Kaiserstuhl und dem Hochschwarzwald nutzt vierstellige Zugnummern. Die erste Ziffer ist dabei immer gleich.

Die Zugnummern können in mehrere Blocke aufgeteilt werden:

• 96xx
• 97xx
• 98xx
• 99xx
• 85xx

Die Zugnummern beginnend mit 96xx sind dabei die Hauptzüge, an die die einzelnen Zugteile zusätzlich angehängt werden oder von denen sie abgehängt werden. Dies sind in Ost-West-Richtung die Züge von Seebrugg nach Breisach (9600-9648) und die Züge von Neustadt nach Breisach (9650-9698). In West-Ost-Richtung sind dies die Züge von Endingen am Kaiserstuhl nach Neustadt (9601-9649) und die Züge von Endingen am Kaiserstuhl nach Villingen (9651-9699).

Die Zugnummern beginnend mit 97xx sind die Zugteile, die in Titisee abgehängt und angehängt werden. In der Regel haben diese die selben Endziffern wie die zugehörigen Hauptzüge, sprich der 9706 kuppelt mit dem 9606 und der 9717 wird vom 9617 abgehängt. In Ost-West-Richtung haben die Zugteile von Villingen bis Titisee dieses Zugnummernschema und in West-Ost-Richtung die Zugteile von Titisee bis Seebrugg. Zeitgleich sind dies auch die Zugteile, die am anderen Ende der Strecke das Zugnummernschema 98xx haben.

Die Zugnummern beginnend mit 98xx sind die Zugteile, die in Gottenheim abgehängt und angehängt werden, sowie die S-Bahnen zwischen Freiburg und Kirchzarten (9831, 9840-9849, 9886-9897). Es gilt der gleiche Grundsatz wie zuvor. In Ost-West-Richtung haben die Zugteile von Gottenheim nach Endingen am Kaiserstuhl dieses Zugnummernschema und in West-Ost-Richtung die Zugteile von Breisach bis Gottenheim.

Am Sonntag, den wir nicht darstellen, existieren zusätzliche Zugnummernschemata für den verdichteten Takt und das geänderte Fahrplankonzept. Es wird hier der Vollständigkeit halber aufgeführt.

Die Zugnummern beginnend mit 96xx sind weiterhin vertreten, stellen nun aber die stündlichen Züge ohne Flügeln/Kuppeln von Neustadt nach Freiburg und umgekehrt dar.

Die Zugnummern beginnend mit 97xx sind die Hauptzüge auf dem Abschnitt von Freiburg nach Breisach (Ost-West) bzw. von Endingen am Kaiserstuhl nach Freiburg (West-Ost). Diese kuppeln und flügeln in Gottenheim.

Die Zugnummern beginnend mit 99xx sind die Züge zwischen Villingen/Neustadt/Seebrugg und Freiburg, die jeweils in Titisee kuppeln und flügeln. Die Zugteile von/nach Seebrugg sind dabei die Hauptzüge und haben den Nummernraum 9900-9949. Die Zugteile von/nach Neustadt bzw. Villingen sind die Flügelteile und haben den Nummernraum 9950-9999 und sind exakt um 50 versetzt im Vergleich zum Hauptzug, sprich der 9965 flügelt vom 9915 und der 9960 kuppelt mit dem 9910.

Die Zugnummern beginnend mit 85xx sind die Zugteile, die in Gottenheim sonntags geflügelt und gekuppelt werden. Sie verkehren entsprechend von Gottenheim nach Endingen am Kaiserstuhl (Ost-West) und von Breisach nach Gottenheim (West-Ost).

Einzelne Abweichungen von diesem Schema sind insbesondere am Morgen und am Abend anzutreffen, wenn in umgekehrter Reihenfolge gekuppelt oder geflügelt wird bzw. wenn einzelne Züge überhaupt nicht kuppeln bzw. flügeln. Ebenso haben die beiden S-Bahn-Paare zwischen Titisee und Seebrugg, die wegen des Dampfzuges eine geänderte Fahrlage haben, eine abweichende Zugnummer von diesem Schema in diesem Abschnitt.