Wie alle Programme, hat auch der StellwerkSim Versionsnummern. Sim5 steht dabei als Codename für die Hauptversion 5, die am 22.4.2016 veröffentlicht wurde. Mit der Version 5 wurde die Abhängigkeit zu Java Applets abgeschafft. Deshalb stellt die Version 5 einen etwas markanteren Versionssprung dar.