Im Sim werden die Züge nicht direkt geändert, sondern aus Zugtemplates (wörtlich: Vorlagen) erzeugt. Dadurch ist es möglich, eine S-Bahn-Linie den ganzen Tag im 20-Minuten-Takt fahren zu lassen, aber den Fahrplan nur einmal eintragen zu müssen.
Die Zugdesigner erzeugen und bearbeiten daher nur die Zugtemplates. Dafür steht ihnen die Zugtemplate-Übersicht zur Verfügung. Dort finden sich auch die Möglichkeiten den Fahrplan des Zugtemplates sowie die restlichen Werte des Zugtemplates wie Namensmuster und Zugscript anzupassen.
Ist das Zugtemplate fertig, werden durch den Zugscriptlauf automatisiert die Züge erzeugt. Vom Zugscriptlauf gibt es zwei Ausführungen:
Zugtemplates können nur von Z-Designern bearbeitet werden und zwar nur in den Regionen, in denen sie auch Z-Rechte haben. Fährt zum Beispiel ein Zug durch die Regionen Ruhrgebiet und Rheinland, der Z-Designern hat aber nur Z-Rechte für das Ruhrgebiet, dann kann er auch nur die Fahrplaneinträge der Anlagen aus dem Ruhrgebiet bearbeiten.
Alle Änderungen an Zügen (inkl. Fahrplan) werden protokolliert und archiviert und müssen über einen Änderungskommentar begründet werden - vergleichbar mit der Versionsverwaltung für Software. Im Anschluss können die Versionen und Änderungskommentare in der Zughistorie eingesehen werden. Ohne den Änderungskommentar können die Zugtemplates nicht gespeichert werden. Hierbei ist darauf zu achten, dass die Änderungskommentare die Änderungen gut beschreiben, damit andere Z-Designer (insbesondere die QS) sofort Bescheid wissen, was geändert worden ist.
Zugfahrpläne beziehen sich grundsätzlich auf den Online-Stand eines Stellwerks. Wurden aber z.B. Bahnsteignamen verändert und gespeichert, so wurde diese Änderung im Offline-Stand der Anlage gespeichert. Den neuen Bahnsteignamen kann man zwar schon im Zugeditor verwenden, hier muss man aber aufpassen, dass man nicht die alten Namen verwendet, sondern den neuen. Wichtig ist auch, dass bei der Änderung von Ein-/Ausfahrten und Bahnsteigen in einer Anlage, die Zugtemplates überprüft werden, die in diesem Stellwerk vorhanden sind, weil es meistens so ist, dass einige Bahnsteignamen oder Ein-/Ausfahrten nicht mehr stimmen und so zu Problemen in der Simulation führen.
Die Zeit zwischen Ankunft/Durchfahrt am ersten Halt einer Anlage und der Ankunft/Durchfahrt des ersten Halts in der nächsten Anlage sollte grundsätzlich mindestens fünf Minuten betragen. Dieser Zeitpuffer ist für den Online-Abgleich nötig, ansonsten kommt es systembedingt zu Verspätungen.
Hiervon kann abgewichen werden, wenn ein Zug zwischen zwei größeren Anlagen (mindestens 5 Minuten zur nächsten Anlage) eine kleinere Anlage (weniger als 5 Minuten zur nächsten Anlage) durchfährt, und alle 3 Anlagen per ÜP verknüpft sind.
Zug 1 fährt im Stellwerk A. Hier ist die erste Ankunft 15:10 Uhr. Nun durchfährt er die Anlage und befährt das Stellwerk B. Hier ist nun die erste Ankunft 15:22 Uhr. Der Zug fährt weiter und kommt nun in Stellwerk C. Hier ist die Ankunft am ersten Haltepunkt um 15:25 Uhr. Der Zug fährt weiter im Stellwerk 3 und braucht hierfür sechs Minuten.
Mehrere Halte an einem Bahnsteig mit Zugdeckungssignal sind bedenklich! Es können unter Umständen Züge nicht losfahren.
Beim Kuppeln von 2 Zügen darf der hintere Zug nicht halten, wenn zwischen ihm und dem vorderen Zugteil nur ein Zugdeckungssignal steht, da der hintere Zugteil sonst nicht losfährt - das nächste Hauptsignal ist schließlich auf rot, das Kennlicht am Zugdeckungssignal zählt nicht. Daher sollte der Zug direkt kuppeln und nicht vorher halten, oder ein Hauptsignal zwischen die Zugteile gesetzt werden.